Existen dos invernaderos destinados a albergar especies que, por sus requerimientos ambientales no pueden desarrollarse normalmente en el exterior. El primero de ellos se encuentra situado entre el vivero principal y la carretera, siendo su destino el albergar diversas especies tropicales. El acceso al mismo se realiza desde el interior del Jardín de suculentas. En él podemos admirar diversas especies pertenecientes al género Tillandsia, llamados «claveles de aire», así como diversas Bromelia. También es de destacar algunas especies de orquídeas. La mayoría de las especies pertenecientes a los grupos citados son plantas epífitas, es decir, que se desarrollan sobre otras plantas, generalmente grandes árboles, y de esta forma alcanzar mayor intensidad de luz que la que tendrían si se desarrollaran en el suelo de las selvas.
El segundo invernadero está situado junto a la Plaza de Fernando Navarro. Está destinado a albergar especies autóctonas como helechos y plantas propias del bosque de laurisilva. De entre ellas podemos citar el culantrillo (Adiantum capillus-veneris) o Viola odorata ssp. maderensis.
